長崎市は、琴海中学校の校舎等改築を計画しているが、現在進めている設計の完了時期を令和６年２月末から同年６月末まで延長する。校舎規模は現校舎の約３８００㎡を上回る約５０００㎡となる見込み。新校舎の建設工事は７年度から入る予定。